Merawat dan menjaga kebersihan kandang sapi adalah kegiatan yang sangat penting demi kesehatan ternak. Kebersihan kandang dipengaruhi oleh teknis kandang seperti salah satunya kemiringan lantai yang diatur sehingga limbah ternak dapat dibersihkan lebih mudah.
Selain itu frekuensi membersihkan kotoran jika memungkinkan dua kali sehari, atau pada sapi perah harus dibersihkan sesegera mungkin agar menjaga kualitas susu yang dihasilkan. Jika kotoran tidak disingkirkan, maka kemungkinan besar dapat menempel pada ambing sehingga mempengaruhi kesehatan ambing dan kualitas susu akan menurun. Ambing dapat mengalami peradangan dan infeksi yang disebut mastitis. Kotoran mengandung berbagai macam mikroorganisme yang dapat menjadi agen penyakit baik bagi ternak maupun manusia.
Kotoran yang tidak dibersihkan juga mengundang lalat yang merupakan suatu vektor penyakit. Jika tidak dibersihkan, kotoran akan menumpuk dan menimbulkan bau busuk sehingga banyak lalat berdatangan.
Kandang yang berdekatan dengan rumah penduduk dapat menyebabkan penularan penyakit salah satunya diare. Selain itu ada pula jenis lalat parasit ternak seperti Stomoxys sp. yang menghisap darah ternak dan dapat menjadi agen penyebaran parasit darah ternak. Selain lalat, terdapat caplak, kutu dan nyamuk yang juga tertarik dengan kondisi kandang yang kotor. Vektor tersebut merupakan pembawa parasit darah pada ternak seperti Babesia sp., Theileria sp., Trypanosoma sp., Anaplasma sp., dll. Kerugian pada ternak berupa pertumbuhan yang terhambat, penurunan berat badan, penurunan daya kerja, penurunan daya reproduksi, penurunan reproduksi susu, dan aborsi.
Adapun cara menjaga kebersihan kandang sebagai berikut :
- Menjaga kebersihan lantai kandang dengan desinfektan
- Membersihkan kotoran secara teratur
- Membersihkan wadah pakan dan minum setiap hari
- Menjaga kebersihan hewan terutama untuk ternak perah
- Melakukan penyemprotan anti serangga jika diperlukan
